Traktat francusko-pruski Drugi traktat został zawarty przez Napoleona dwa dni później, 9 lipca, z Królestwem Prus. Prusy rezygnowały z posiadłości w zachodnich Niemczech, z których utworzono Królestwo Westfalii. Powstało Wolne Miasto Gdańsk, pozostające pod protektoratem Królestwa Saksonii i Królestwa Prus. Prusy zrzekały się ziem drugiego, trzeciego i części ziem pierwszego rozbioru Polski, czego skutkiem było utworzenie Księstwa Warszawskiego na mocy artykułu XV tego traktatu. Trzy tygodnie później, z części ziem północnych, przybrzeżnych, pierwszego rozbioru Polski utworzono Wolne Miasto Gdańsk. Francuzi oddali zajęte tereny Śląska z Wrocławiem i twierdzami śląskimi. Traktat pozwalał na swobodne poruszanie wojsk Napoleona Bonaparte po terenie Prus.
Prusy częściowo wprowadziły Kodeks Napoleona, w tym: sekularyzację dóbr kościelnych, rozwiązanie zakonu jezuitów.
Traktat sprowokował Brytyjczyków do podjęcia akcji przeciw Danii i do zagarnięcia jej floty, by nie uczynił tego Napoleon.