Początkowo pełnił obowiązki kapelana wojskowego w Al-Chums oraz w Masallata. Duszpasterzował wówczas wśród Włochów i Maltańczyków. W 1919 wrócił do Trypolisu. Został proboszczem w parafii katedralnej, organizując ją w sensie strukturalnym. Parafia liczył w tym okresie ponad 20 000 wiernych. O. Filippini założył w parafii Akcję Katolicką i wspólnotę tercjarzy franciszkańskich. Nowy kościół ukończono w 1928 roku. 23 maja 1933 roku papież Pius XI mianował o. Filippiniego wikariuszem apostolskim Mogadiszu (Somalia) i biskupem tytularnym Thinisa in Numidia.
Sakrę biskupią przyjął w Katedrze w Trypolisie z rąk Arcangelo Mazzottiego 29 czerwca 1933 roku. Współkonsekratorami byli biskupi Giacinto Tonizza oraz Candido Domenico Moro. Do Mogadiszu przybył 22 września 1933 roku. Szerokiej pomocy udzieliła mu jego macierzysta prowincja zakonna. Z Mediolanu przybyli bracia, by podjąć się apostolatu misyjnego, najpierw w Somalii kolonialnej i Somalii Brytyjskiej, następnie w Terytorium powierniczym. Bp Filippini wizytował podległe sobie terytoria, zakładał placówki duszpasterskie, organizował działania katechetyczne, powołał seminarium oraz zaczął wydawać czasopismo „Somalia cristiana – Pubblicazione mensile missionaria”.