Później, w toku prac projektowych w Instytucie Badań Technicznych Marynarki, liczbę samolotów pokładowych zmniejszono do 72 bojowych i 12 rezerwowych. Wynikało to ze słusznego przekonania, że przyszłe bazujące na lotniskowcu samoloty będą miały większe wymiary i masę. Zmniejszono także wymagania odnośnie do prędkości maksymalnej, która ostatecznie wynosiła 34 węzły. Ponadto zwrócono również uwagę na dopracowanie hydrodynamiczne kadłuba – kadłub „Shōkaku” wyposażono w gruszkę dziobową Taylora zmniejszającą opór falowy kadłuba podczas marszu z dużą prędkością. Wsporniki śrub napędowych ukształtowano tak, by stawiały możliwie mały opór; w tym samym celu przesunięto ku tyłowi stępki przeciwprzechyłowe. Okręt wyposażono w dwa stery rufowe, jednak w odróżnieniu od powszechnie stosowanego układu równoległego zainstalowano je w układzie jeden za drugim – osie sterów oddalono od siebie o 13,5 metra.