Pracownia JEMS W 1988 wraz z Jagiełłą i Szczepanikiem-Dzikowskim założył biuro JEMS Architekci. Od tej pory jego działalność jest związana z tą pracownią, która szybko zyskała dużą rozpoznawalność w Polsce. Miłobędzki wraz z JEMS Architekci otrzymał wiele wyróżnień, m.in. za budynek przy ul. Hozjusza w Warszawie, siedzibę Agory. W 2002 jako biuro JEMS Architekci w składzie z Jagiełłą, Szczepanikiem-Dzikowskim i Sadowskim został ogłoszony laureatem Honorowej Nagrody SARP za wkład w rozwój architektury polskiej.
W JEMS Architekci pełni zazwyczaj rolę odpowiednika dyrektora artystycznego. Przeważnie przygotowuje pierwsze szkice, czuwa nad wizualną i artystyczną oprawą przedsięwzięcia.
Główne projekty thumb|Biurowiec Agory przy ul. Czerskiej 8/10 w Warszawie zespół mieszkaniowy przy ul. Hozjusza w Warszawie wieżowiec Babka Tower, rondo Zgrupowania AK „Radosław” (d. rondo Babka) w Warszawie (2000) biurowiec spółki Agora, ul. Czerska 8/10, Warszawa (2000–2001) wieżowiec Kredyt Banku, ul. Giełdowa, Warszawa (2001–2002) dom przyszłości, Warszawa-Choszczówka, 2002–2003 biurowiec Polpharma, ul. Bobrowiecka, Warszawa (2006) 19.