W latach 1541–1570 wzmiankowano transakcje pieniężne prowadzone przez prudnickich Żydów. Stosunek władz Prudnika do społeczności żydowskiej przybrał negatywny wydźwięk po przybyciu do miasta dużej grupy Żydów z Korony Królestwa Polskiego w 1559. Na prośby mieszczan, w 1570 cesarz Rudolf II wygnał z Prudnika 28 rodzin żydowskich, a w 1576 Żydzi zostali pozbawieni prawa prowadzenia handlu. Władze Prudnika przyjęły privilegium de non tolerandis Judaeis (przywilej nieakceptowania Żydów). Żydzi z Prudnika zamieszkali w Białej i w Osobłodze.
Przychylny Żydom edykt tolerancyjny, wydany przez cesarza Karola VI w 1713, nie objął Prudnika. Kolejne ustawy, tym razem wydane przez władze Królestwa Prus, nadal nie obejmowały Prudnika. Było to spowodowane przyjęciem przez władze miasta privilegium de non tolerandis Judaeis.
Powrót Żydów do miasta mały|lewo|upright|Samuel Fränkel Żydzi mogli ponowie osiedlać się w Prudniku od 11 marca 1812, dzięki edyktowi emancypacyjnemu wydanemu przez króla Fryderyka Wilhelma III. W 1812 miejscowa gazeta urzędowa wspomniała obecność w mieście 4 Żydów, którzy otrzymali kwalifikacje obywatelskie: Mendel Wolf, Hirschel Levi, Sussbach i Saul Schneider. W 1816 modlitwy były odprawiane w izbie w domu przy ul. Wąskiej, następnie przy ul. Zamkowej.