Tam klub z Gdyni spędził 4 sezony, po których spadł do IV ligi.
Od 2016 roku Po spadku Arka II Gdynia występowała w IV lidze, gr. pomorskiej nieprzerwanie do sezonu 2023/2024, po którym spadła do klasy okręgowej. Po roku przerwy klub powrócił na V szczebel rozgrywkowy.
Bilans ligowy Źródło: +SezonLigaPoziom ligowyMiejscePunktyBramkiUwagi1978/1979III liga, gr. IIII8/142518-211979/198013/151923-51spadek brak danych z lat 1980-20012001/2002klasa A, gr. Gdańsk IVI -/1200-0Arka II Gdynia wycofała się w trakcie rozgrywek.2002/20031/114865-19awans 2003/2004klasa okręgowa, gr. Gdańsk IV1/155985-23Pierwotnie Arka II Gdynia zajęła 2. miejsce i grała w barażach o awans (porażka z Pomezanią Malbork), jednak ze względu na przyznanie walkowera przeciwko zwycięzcy grupy, Raduni Stężyca, zespół z Gdyni uzyskał bezpośredni awans.; awans 2004/2005IV liga, gr. pomorskaIV9/185052-422005/200611/184360-482006/20077/185458-512007/200815/183034-56Arka II Gdynia wycofała się po zakończeniu sezonu.2008/2009brak występów w rozgrywkach ligowych2009/20102010/20112011/2012IV liga, gr. pomorskaV1/167189-22awans 2012/2013III liga, gr. IIV8/164240-412013/20149/164443-342014/201511/163941-362015/201611/163248-52spadek 2016/2017IV liga, gr.