Kontrowersje w środowisku naukowym mały|309x309px|Kobieta z ludu Tzeltalów Głównym zarzutem skierowanym ku tradycyjnej wiedzy ekologicznej jest jej “nieobiektywność” według standardów “zachodniej” nauki – kwestionowana jest jej holistyczność czy połączenie zarządzania środowiskiem z duchowością jako główny argument potwierdzający jej nie-naukowość. Kontrargumentem w tej sprawie okazuje się fakt, że większość taksonomii tubylczej w dużej większości pokrywa się z taksonomią ustandaryzowaną. W swoich badaniach nad taksonomia roślin społeczności Tzeltal, Brent Berlin zdołał zawrzeć 471 nazw, z których 60% pokrywała się z taksonomią linneuszowską.
Zachodnia ekologia spotyka się z analogiczną krytyką – przez wielu badaczy oraz działaczy na rzecz społeczeństw tradycyjnych, domniemany obiektywizm powszechnej ekologii łączy się z indywidualizmem. Ekologia w zachodnim podejściu stała się jednokierunkowa, a więc nie bierze pod uwagę szerszej perspektywy oraz innych aspektów, które mogą wpływać na środowisko oraz zachodzące w nim zmiany, w przeciwieństwie do tradycyjnej wiedzy ekologicznej, która zachowuje podejście społeczne, holistyczne.