W maju 2001 współtworzył Ligę Polskich Rodzin. Do stycznia 2002 pełnił funkcję przewodniczącego Kongresu LPR. Kierował też strukturami partii m.in. w powiecie mińskim i województwie mazowieckim. Od 2002 do 2005 był radnym sejmiku mazowieckiego i członkiem zarządu, a następnie wicemarszałkiem województwa. Równocześnie przewodniczył Radzie Gospodarki Morskiej Wisły Środkowej oraz był wiceprezydentem Europejskiej Sieci Regionów Chemicznych. W 2004 z listy Ligi Polskich Rodzin bez powodzenia kandydował do Parlamentu Europejskiego, a w 2005 został liczbą 6274 głosów wybrany na posła V kadencji w okręgu siedleckim. Do maja 2006 przewodniczył Komisji Infrastruktury.

Według katalogów opublikowanych przez Instytut Pamięci Narodowej Bogusław Kowalski w 1987 został zarejestrowany przez Służbę Bezpieczeństwa jako TW „Mieczysław”. W 2008 IPN zawiadomił, że po analizie materiału archiwalnego nie znalazł podstaw do zakwestionowania jego oświadczenia lustracyjnego, w którym polityk zaprzeczał współpracy ze służbami specjalnymi PRL.