Pod koniec 1995 roku Corgan zaczął umawiać się z fotograf, Yeleną Yemchuk, która miała swój wkład w kilku teledyskach grupy i zaprojektowała grafikę w niektórych jej wydawnictwach. Pozostała ona narzeczoną Corgana do 2004 roku, a on sam napisał o niej utwór Stand Inside Your Love z albumu Machina/The Machines of God. Muzyk przyznał, że rozstanie z Yemchuk miało ogromny wpływ na teksty piosenek z jego solowego albumu, wydanego w 2005 roku TheFutureEmbraceBilly Corgan, „Blue Room Interview, Part I”, 2005.

Na początku 2006 roku Corgan wprowadził się do Courtney Love i jej córki, Frances Bean Cobain, zajmując dla siebie całe skrzydło w ich nowej rezydencji w Hollywood Hills. W latach 2010–2012 piosenkarz był w związku partnerskim z wokalistką zespołu The Veronicas – Jessicą Louise Origliasso.

Matka Corgana, Martha, umarła w 1996 roku. Poświęcony jej został utwór „For Martha”, zawarty na albumie Adore. Później artysta nazwał na jej cześć swoją wytwórnię, Martha's Music.

Corgan otwarcie przyznaje się do kibicowania drużynie bejsbolowej Chicago Cubs, a także koszykarzom Chicago Bulls i hokeistom Chicago Blackhawks. Zawiązał także bliskie znajomości z Dennisem Rodmanem i Chrisem Cheliosem.