W tym okresie sekretarz stanu w Ministerstwie Sprawiedliwości Michał Wójcik wystawił Szmydtowi upoważnienie dostępu do informacji niejawnych. 1 września 2018 został dyrektorem Wydziału Prawnego Krajowej Rady Sądownictwa (tzw. neo-KRS, powołanej w trybie, którego legalność jest kwestionowana). We wrześniu 2018 Zbigniew Ziobro powołał go do Zespołu do spraw czynności Ministra Sprawiedliwości podejmowanych w postępowaniach dyscyplinarnych sędziów.
W październiku 2018 został sędzią II Wydziału Warszawskiego Sądu Administracyjnego. W grudniu 2018 został służbowo skierowany do Naczelnego Sądu Administracyjnego, gdzie orzekał raz w miesiącu do maja 2019. W 2019 był jednym z bohaterów tzw. afery hejterskiej, polegającej na dyskredytowaniu sędziów protestujących przeciwko ograniczeniu niezależności sądownictwa przez PiS, w której aktywną rolę odegrała ówczesna żona Szmydta, Emilia. W 2019 został odwołany z delegacji do KRS, po czym prezes NSA czasowo odsunął go od orzekania w warszawskim WSA. Następnie angażował się w Sejmie, współpracując z Komisją Sprawiedliwości (na wniosek poseł Kamili Gasiuk-Pihowicz), w której zajmował się tzw. aferą hejterską. Sędziego Szmydta w tzw. aferze hejterskiej reprezentował adwokat Bartosz Lewandowski z Ordo Iuris.