14 lipca 1714 roku koadiutor biskupa wileńskiego Maciej Ancuta poświęcił kamień węgielny pod nowy murowany kościół. Budowę prowadzono w latach 1719-1726. Wiadomo, że świątynię wznieśli miejscowi murarze: Jakub Boksza, Jerzy Urłowski, Andrzej Szarecki, Jerzy Stepkowski.
W 1723 roku dokonano konsekracji kościoła pod wezwaniem Bożego Ciała. Wnętrze ozdabiało wówczas pięć starych ołtarzy. Budowę ukończono w 1740 r., zaś w 1776 r. (wg innych źródeł 1786 r.) biskup Antoni Żółkowski rekonsekrował kościół ku czci Przemienienia Pańskiego. W latach 1770 – 83 kościół został pokryty dachówką, lecz w 1792 r. podczas restauracji ponownie pokryto go gontem.
W 1790 r. z prawej strony ówczesnej ul. Kowalskiej proboszcz kościoła ks. Chiałkowski wybudował nową murowaną plebanię (obecny budynek zespołu klasztornego sióstr nazaretanek), a także szereg budynków gospodarczych.
Przy lewym ołtarzu św. Antoniego stała chrzcielnica, gdzie 12 lutego 1799 r. został ochrzczony syn Barbary i Mikołaja Mickiewiczów, któremu nadano imię Adam. Z tej okazji w latach 20. XX w. na ścianie kościoła, na lewo od wejścia, wmurowano niewielką marmurową tablicę.