W 1934 roku z inicjatywy proboszcza Mamertasa Lumbėgo powstał wstępny projekt nowej świątyni autorstwa architekta . Budowa rozpoczęła się w kwietniu następnego roku; kamień węgielny pod budowę kościoła uroczyście poświęcono 30 czerwca 1935 roku. Wkrótce jednak ze względu na niekonsultowane z Šalkauskisem zmiany w projekcie budowli, nadzór nad budową przejął , który wprowadził również kilka poprawek. Za konstrukcje żelbetowe odpowiedzialny był .
Budowę świątyni ukończono w grudniu 1938 roku. 24 grudnia do kościoła przeniesiono Najświętszy Sakrament, zaś dzień później odprawiono w nim pierwszą mszę świętą oraz nadano wezwanie Najświętszego Serca Pana Jezusa.
W 1941 roku kościół został częściowo uszkodzony w wyniku bombardowania – zniszczony został ołtarz oraz tylna elewacja, które już w roku następnym zostały odbudowane według projektu architekta . Kolejne większe remonty świątyni miały miejsce w latach 1942–1947, 1953–1963, 1963–1984 i 2005–2006 oraz 2012–2015 i 2022–2023.