Podczas tych sesji grupa nagrała pierwotne wersje niektórych utworów, razem z nowym producentem, Floodem, zajmującym miejsce współpracującego z zespołem przy poprzednich dwóch albumach Butcha Viga. Ostatecznie grupa skupiła się przy nagraniu Mellon Collie w taki właśnie, „surowy” sposób, bez wielokrotnego przekształcania dźwięku i nakładania jego kolejnych warstw na siebie, co było charakterystyczne dla ich poprzednich nagrań.
Następnie razem z Floodem i drugim producentem, Alanem Moulderem zespół dokończył prace nad utworami w studio Chicago Recording Company. Procesowi nagrywania nie towarzyszyło już takie napięcie między członkami grupy jak przy pracach nad Siamese Dream. Co więcej, w przeciwieństwie do poprzedniego albumu, na który wszystkie partie gitary i basu nagrał rzekomo Corgan, pozostali członkowie grupy mieli duży wpływ na ostateczny kształt Mellon CollieDavid Browne, „Pumpkin Batch”, EW.com, 27 października 1995.. Ostatecznie Corgan napisał około 56 nowych utworówBilly Corgan, James Iha, D’arcy Wretzky. Wywiad w programie „Hora Prima”, MTV Latin America, 19 grudnia 1996.. Zaowocowało to zawierającym 28 piosenek i trwającym ponad dwie godziny podwójnym albumem.