Pierwszych partyzantów wyszkolili dla UÇK mówiący po albańsku oficerowie wojska i policji jugosłowiańskiej, którzy w latach 1991–1992 zdezerterowali, by zaciągnąć się do armii chorwackiej lub słoweńskiej.
W latach 1996–1997 w masywie Mirdita w północnej Albanii powstały pierwsze ośrodki szkoleniowe. Organizację dyskretnie popierały nowe albańskie służby specjalne (SHIK), a później również prezydent Sali Berisha. Po złożeniu urzędu późną wiosną 1997 r. Berisha otwarcie udostępnił kosowskim bojownikom swoją posiadłość w Tropoje. Podziemna armia miała również rezerwy w zachodniej Macedonii, gdzie skupiała się albańska mniejszość. We wsiach na granicy albańsko-macedońskiej, wokół Gostivaru, Debaru i Velesty, znajdowały się liczne magazyny broni, żywności i lekarstw.
Rok 1997 przyniósł wzmocnienie organizacji, a jej liczebność wzrosła do kilkuset osób. W ciągu tego roku UÇK przeprowadziła 17 zamachów bombowych w Kosowie i jeden w Macedonii. Dzięki kontaktom z klanami była świetnie poinformowana i regularnie usuwała zdrajców, zwłaszcza szpiegów będących na usługach serbskich służb specjalnych. Po raz pierwszy publicznie bojownicy UÇK pokazali się 28 listopada 1997 r. podczas pogrzebu nauczyciela poległego w bitwie z policją serbską.