W mieście zaczęły powstawać nowe cechy: krawców (1577), kuśnierzy (1580), bednarzy (1580), stolarzy (1593), stelmachów (1593), kowali (1602), ślusarzy (1602) i puszkarzy (1602). Miasto w 1581 zostało kupione przez czeskiego arystokratę i dyplomatę Wilhelma z Rožemberku. W mieście zostaje wybudowany katolicki Kościół Świętej Trójcy zafundowany przed Hansa Kirchpauera w 1583 roku. Joachim Fryderyk odkupuje miasto od Piotra Woka Złoty Stok w 1599 roku. Wtedy również w mieście powstaje szpital. Aby pobudzić rozwój górnictwa w Złotym Stoku książę Joachim Fryderyk ogłosił wolność robót górniczych w mieście i wydał nową ordynacje górniczą. W 1613 przeprowadzono pierwsze próby zastosowania prochu w kopalniach. W 1618 roku rozpoczęła się wojna trzydziestoletnia. Wojska katolickie pustoszyły Śląsk. W mieście ukrywali się mieszkańcy pobliskich wsi. Mennica zaprzestała bicia monet. Zamek uległ zniszczeniu. Zaraza, która wybuchła w mieście w 1633 pochłonęła 1291 ofiar, 897 mieszkańców i 394 osoby, które przybyły do Złotego Stoku w czasie wojny. Stworzono specjalnie cmentarz na zboczu góry Jawornik Wielki dla ofiar zarazy. 2 lutego 1638 roku w mieście wybuchł ogromny pożar. Spłonął kościół, ratusz, 60 domów z czego 3 to kamienice Fuggerów. Po tym pożarze miasto nie odzyskało już dawnej świetności.