Rozszerzono również katalog podmiotów, które mogły ubiegać się o pieniądze z funduszu. Do tej pory fundusz mógł udzielać wsparcia finansowego tylko fundacjom i stowarzyszeniom, po zmianach mógł także finansować jednostki sektora finansów publicznych – czyli np. organy administracji rządowej, sądy, samorządy, agencje rządowe, uczelnie, szpitale, ochotnicze straże pożarne. Od 2017 roku fundusz również zyskał oficjalną skróconą nazwę – Fundusz Sprawiedliwości.
Fundusz stał się przedmiotem politycznych kontrowersji ze względu na powiązania jego beneficjentów z politykami Suwerennej Polski. Ponadto ze środków funduszu sfinansowano zakup oprogramowania Pegasus, które posłużyło m.in. do podsłuchiwania polityków ówczesnej opozycji przez władzę. Rozmowy polityków Suwerennej Polski dotyczące klucza przyznawania dotacji z Funduszu oraz występujących w tym procesie nieprawidłowości zostały nagrane i częściowo opublikowane w mediach przez byłego dyrektora Departamentu Funduszu Sprawiedliwości w Ministerstwie Sprawiedliwości Tomasza Mraza.