Gmina graniczy z gminami Kutaisi, Zestaponi, Charagauli, Wani i Adigeni.
Podział administracyjny Gmina Baghdati dzieli się na 15 jednostek administracyjnych, obejmujących miasto Baghdati, 25 wsi oraz osadę przy zakładzie winiarskim w Warciche:
jednostka administracyjna Baghdati – miasto Baghdati; jednostka administracyjna : wieś , wieś Saimedo; jednostka administracyjna Persati: wieś Persati, wieś Szubani; jednostka administracyjna – wieś ; jednostka administracyjna Rochi – wieś Rochi; jednostka administracyjna Warciche: wieś Warciche, osada przy zakładzie winiarskim w Warciche; jednostka administracyjna Rokiti – wieś Rokiti; jednostka administracyjna Didwela – wieś Didwela; jednostka administracyjna Pirweli Obcza – wieś Pirweli Obcza; jednostka administracyjna Meore Obcza – wieś Meore Obcza; jednostka administracyjna Nergeeti: wieś Nergeeti, wieś Ckaltaszua, wieś Cablaraschewi, wieś Dapenili, wieś Alismereti, wieś Koriszi, wieś Mamaneti; jednostka administracyjna Zeda Dimi – wieś Zeda Dimi; jednostka administracyjna Zegani: wieś Kweda Zegani, wieś Zeda Zegani, wieś Cipa, wieś Nebiereti; jednostka administracyjna Sakraula – wieś Sakraula; jednostka administracyjna Chani: wieś Chani, wieś Kakaschidi, wieś Zekari, wieś Wenaczala, wieś Kerszaweti.