Architektura Fasada kościoła jest proporcjonalna i ma wyważoną kompozycję. Cała fasada jest podwyższona wysokim cokołem. Po bokach centralnego przęsła zespół płaskich pilastrów zwieńczonych wolutami jońskimi. Przęsła boczne posiadają te same elementy architektoniczne co przęsło centralne, tyle że w mniejszej skali. Na pilastrach, pokrywając całą fasadę wspiera się szeroki gzyms i surowe belkowanie. Na gzymsie i belkowaniu centralnie umiejscowiony trójkątny fronton z dwoma większymi sterczynami. Główne drzwi ujęte są w kamienną listwę i zespół pilastrów z kapitelami jońskimi. Portal zwieńcza trójkątny fronton z dwoma mniejszymi sterczynami. Pomiędzy portalem a gzymsem znajdują się symbole męczeństwa – dwa liście palmowe i Chi Rho z koroną na górze. Dwie kwadratowe dzwonnice zwieńczone masywnymi pinaklami są przedłużeniem przęseł bocznych fasady; zostały one wzniesione w latach 70.–80. XIX wieku. Na skrzyżowaniu naw duża kopuła z latarnią zbudowana w 1910.
Dzieła sztuki Tytułowy obraz przedstawiający św. Małgorzatę z Antiochii wykonał maltański artysta Stefano Erardi. Pierwotny tytularny posąg św.