Często sugerowano, że pierwsze rdze (Pucciniomycetes) istniały już w paleozoiku, ale nie istnieją żadne ich niewątpliwe skamieniałości tego wieku.
Dewońska reticulata jest jednym z najstarszych dobrze zachowanych niewątpliwych porostów.
Mezozoik W pochodzących z triasu skamieniałościach korzeni benetytów opisano grzyby Glomus i Gigaspora zaliczane do grzybów kłębiakowych. Na liściach Pterophyllum sp. znaleziono apotecjum i worki jakiegoś grzyba z typu workowców. W Queensland w Australii na pniach benetytów opisano zaliczanego do podstawczaków grzyba Eopolyporoides kuklei, żyjącego na nich jako saprotrof. W triasie żyły także grzyby entomopatogeniczne. Na Antarktydzie znaleziono strzępki grzyba zaliczanego do sprzężniaków (Zygomycota) połączone z kutikulą owada.
Z jury pochodzi najstarsze znalezisko nadrzewnego grzyba Phellinites digiustoi, zaliczanego do hub. Znaleziono go na pniu araukarii. Skamieniałości z kredy wskazują na dalsze różnicowanie się grzybów workowców, z tego okresu pochodzą także najwcześniejsze dowody istnienia ektomykoryzy.