W 1922 został profesorem na Uniwersytecie Johanna Wolfganga Goethego we Frankfurcie. W 1935 Siegel spędził pół roku w Institute for Advanced Study (IAS). Wrócił następnie do Frankfurtu, ale już pod koniec 1937 przyjął stanowisko profesora w Getyndze i przeniósł się tam na początku 1938. Siegel źle się czuł w kraju rządzonym przez Hitlera, nie akceptował też nazistowskich prześladowań Żydów. Na początku 1940 opuścił więc Niemcy, wykładając krótko najpierw w Danii, a następnie w Norwegii. Od 1940 do 1951 pracował ponownie w IAS, a w 1951 roku wrócił do Niemiec i resztę swojej kariery spędził w Getyndze.
Wypromował osiemnastu doktorów (siedemnastu w Niemczech i jednego w USA), w tym laureata Nagrody Wolfa .
Publikacje, osiągnięcia i wyróżnienia Autor ponad 100 artykułów. Swoje prace publikował m.in. w „Annals of Mathematics”, „Mathematische Annalen”, „Transactions of the American Mathematical Society”, „American Journal of Mathematics”, „Acta Arithmetica”, „Bulletin of the American Mathematical Society”, „Acta Mathematica”, „Journal für die Reine und Angewandte Mathematik”, „Duke Mathematical Journal” i „Inventiones Mathematicae”.