W roku 2006 powrócił do pierwszoligowego Grono Zielona Góra i Wiecko Zielona Góra, gdzie zagrał do 2008 w 66 meczach. Koniec kariery w wieku 35 lat zakończył w 2009 grą w pierwszoligowym AZS PWSZ Kalisz. Statystycznie w sezonie 2008/2009 rozegrał 25 meczów.
Robert Morkowski najwięcej sezonów rozegrał w stargardzkim klubie (8), uczestnicząc w 297 spotkaniach i zdobył 2200 pkt. W całej swojej karierze wystąpił w 17 sezonach, zagrał w 523 meczach zdobywając 4011 pkt. ze średnią 7,7 pkt. W klubie zielonogórskim, gdzie rozpoczął karierę koszykarską zanotował sześć sezonów i zagrał w 127 spotkaniach.
Po zakończeniu kariery grał i dalej gra w amatorsko w zielonogórskiej lidze Basketliga Zielona Góra. 26 kwietnia 2016 współorganizował i uczestniczył w 25-leciu zielonogórskiej ligi amatorów, gdzie z tej okazji rozegrano mecz między drużyną Aldemedu, a All Starsomem. 29 sierpnia 2021 uczestniczył wraz z innym byłymi zawodnikami Zastalu w towarzyskim meczu z aktualną wówczas drużyną Enei Zastal BC Zielona Góra (m.in. Dragan Apić, David Brembly, Devoe Joseph, Andy Mazurczak, Tony Meier, Krzysztof Sulima, Kacper Traczyk, Jarosław Zyskowski i Przemysław Żołnierewicz) z trenerem Oliverem Vidinem, a w zespole legend z trenerem Grzegorz Chodkiewicz zagrali m.in.: Łukasz Brzózka, Jarosław Kalinowski, Grzegorz Kukiełka, Piotr Olczak.