Nie jest do końca pewne, czy Mieczysław się zarejestrował, ale wiadomo, że uniknął represji i do czerwca 1940 roku pracował jako konsultant internista w radzieckim szpitalu wojskowym.
W lipcu 1940 roku został zesłany do Archangielska, a następnie do osiedla Czażenga w obwodzie archangielskim, gdzie przebywał do stycznia 1942 roku, pracując jako kierownik punktu medycznego. W grudniu 1941 roku w Kirowie zginęli jego rodzice, a 2 lutego 1942 roku na zawał serca zmarła jego żona, Maria z d. Szpilfolg, córka Izraela Szpilfolga i Estery Waldman. W lutym 1942 roku wraz z synem udał się do Soroczynska, gdzie przebywał do lutego 1945 roku, pracując jako lekarz internista. Od kwietnia 1944 roku pełnił funkcję przewodniczącego lokalnego oddziału Związku Patriotów Polskich.
Kiedy w styczniu 1943 roku na terenach ZSRR zaczęto formować Polskie Siły Zbrojne w ZSRR, Fejgin podjął próbę rekrutacji, nie został jednak przyjęty. Dopiero 31 stycznia 1945 roku otrzymał depeszę o stawieniu się na dzień 15 lutego 1945 roku w Departamencie Służby Zdrowia 2 Armii Wojska Polskiego w Lublinie. Otrzymał przydział na stanowisko starszego inspektora internisty Polowego Punktu Ewakuacyjnego nr 3, któremu podporządkowane były wszystkie szpitale 2 Armii WP.