Zgodnie z §1 pkt 5 Rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 25 kwietnia 2003 r. w sprawie utworzenia wojewódzkich sądów administracyjnych ) oraz ustalenia ich siedzib i obszarów właściwości (Dz.U.2003.72.652) w brzmieniu nadanym Rozporządzeniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 13 sierpnia 2004 r. (Dz.U.2004.187.1926), dla Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie obszarem właściwości został teren województwa małopolskiego.
Siedziba Pierwszą siedzibą WSA w Krakowie była wpisana do rejestru zabytków (nr A-111) nieruchomość znajdująca się przy ul. Topolowej 5, czyli Pałac Mańkowskich.
W 2008 roku, po uzgodnieniu z Małopolskim Wojewódzkim Konserwatorem Zabytków, przeprowadzono w nim remont, wymieniono dach oraz odnowiono elewacje, natomiast w 2014 roku wymieniono stolarkę zewnętrzną. Mimo że obecnie posiadłość nie pełni funkcji siedziby sądu to nadal jej pomieszczenia służą zapotrzebowaniu lokalowemu Sądu, a dzięki przewiązce oba budynku są ze sobą dobrze skomunikowane, stanowiąc funkcjonalny kompleks.