W 1873 roku biskup skierował go do posługiwania w Stoczku Klasztornym. Jako rektor kościoła. przystąpił do porządkowania jego wnętrz. Koszt wykonanych przez niego napraw wyniósł aż 17 000 marek. Był to okres nasilającego się kulturkampfu i władze pruskie nie chciały zaakceptować nominacji aktywnego ks. Wagnera. Za brak zgody władz na tę nominację sąd skazał biskupa diecezji warmińskiej Philippa Krementza na 200 talarów grzywny. Gdy biskup odmówił, zostały zajęte jego meble w pałacu biskupim. Również ks. Wagnera dotknęły szykany, policja zabroniła mu sprawowania mszy św. i udzielania sakramentów w Stoczku. Ksiądz nie stosował się do poleceń władz, toteż 14 maja 1874 roku został skazany na 75 marek grzywny, lecz łącznie z kosztami sądowymi suma wyniosła 226,36 marek. Gdy Wagner wzbraniał się od zapłaty, komornik wyegzekwował należność w wyniku komorniczej egzekucji.