Zostało ono skrajnie osłabione militarnie, politycznie i ostatecznie pogrążyło się w wewnętrznych konfliktach.

Na przełomie XII i XIII w.w. Mongołowie przybyli do granic dawnego Państwa Chakasów, podbili Najmanów i starali się ustanowić kontrolę nad nowymi ziemiami. Początkowo elita polityczna zdecydowała dobrowolnie poddać się Mongołom, więc na początku XIII w. ziemie kraju nad rzeką Jenisej stały się częścią Imperium Mongołów. Później jednak, przez cały XIII w., Chakasowie nieustannie buntowali się, starając się przywrócić swoją niepodległość. W 1273 r. udało im się wypędzić mongolskich najeźdźców i odrodzić swoje państwo, które potem istniało do 1293 roku.

W 1271 r. władzę w Chinach przejęła mongolska dynastia Yuan. Do 1279 r. zjednoczyła ona pod swoją władzą całe Chiny. Cesarz Kubilaj chcąc opanować tereny dawnego Państwa Chakasów w 1293 r. wysłał armię dowodzoną przez TatuhęTatuha (1237-1297 r.r.) – działacz wojenny, dowódca z czasów dynastii Yuan.. Ekspedycja wojskowa złamała opór Chakasów, całkowicie spacyfikowała zajmowane przez nich ziemie i zniszczyła państwowość nad Jenisejem.

Następnie, pod koniec XIV w. na terytorium Kotliny Chakasko-Minusińskiej pojawił się twór polityczny Hongoraj, który istniał do XVIII w.