I wojna światowa nie spowodowała strat finansowych. W 1927 roku Towarzystwo obchodziło 50-lecie istnienia. Po wybuchu II wojny światowej podczas Sonderaktion Krakau zostali aresztowani aktualny i byli prezesi Towarzystwa Zygmunt Saryusz-Bielski, Roman Dawidowski i Izydor Stella-Sawicki i wywiedzeni do Sachsenhausen. Niemcy zajęli siedzibę Towarzystwa. Część wyposażenia została rozgrabiona, a w budynku umieszczono biura urzędu Treuhadstelle. Po wyzwoleniu Krakowa działacze wznowili działalność Towarzystwa. Budynek był zniszczony, pozostały tylko resztki mebli biurowych. Niemcy zniszczyli liczącą 1000 woluminów bibliotekę, wyposażenie sali odczytowej, sali zebrań towarzyskich i biur Towarzystwa, akta i dokumenty gromadzone od początku działalności, zabrali książeczki Polskiej Kasy Oszczędnościowej i gotówkę.
2 grudnia 1945 roku odbyło się pierwsze po wojnie walne zgromadzenie. Obradom przewodniczył Czesław Boratyński, który odczytał listę 78 zmarłych podczas wojny członków (z uwzględnieniem członków Lwowskiego Towarzystwa Politechnicznego). Pod koniec 1945 roku wznowiono wydawanie Czasopisma Technicznego.