szczegółowe badanie mikroorganizmów poszczególnych gatunków.
mikrobiologia przemysłowa – dział mikrobiologii dotyczący możliwości wykorzystania drobnoustrojów do procesów przemysłowych (przemysł: chemiczny, farmaceutyczny, kosmetyczny, piekarniczy, browarniczy, winiarski oraz oczyszczanie ścieków). Dziedzina ta zajmuje się wykrywaniem, badaniem i dostosowaniem do przemysłowego wykorzystania metabolicznych procesów, właściwości drobnoustrojów. Mikrobiologia przemysłowa związana jest z biotechnologią
mały|300x300px|Kamienistość miąższu gruszek - wirusowa choroba roślinmikrobiologia środowiskowa – dotyczy wpływu drobnoustrojów na ożywione i nieożywione elementy środowiska oraz wpływu tych elementów na mikroorganizmy. Zajmuje się badaniem środowisk występowania drobnoustrojów, również tych najbardziej wymagających (słone i gorące jeziora USA, głębiny oceaniczne, pustynie itp.) i opisywaniem właściwości, które umożliwiają im bytowanie w tych często niesprzyjających warunkach.