1 lipca z rozkazu Napoleona została powołana Komisja Rządu Tymczasowego Wielkiego Księstwa Litewskiego – organ, który miał zająć się administracją guberni wileńskiej, mińskiej, kowieńskiej oraz obwodu białostockiego, a ponadto mobilizować mieszkańców tych ziem do wstępowania do Wielkiej Armii, natomiast 15 lipca Komisja oficjalnie podporządkowała się Konfederacji Generalnej Królestwa Polskiego. W mieście powtarzały się od czasu do czasu grabieże, jednak mimo to sytuacja w mieście przez następne cztery miesiące była jeszcze opanowana.
Sytuacja po odwrocie Napoleona spod Moskwy Położenie uległo zmianie po odwrocie cesarza Francuzów spod Moskwy (19 października), bitwie nad Berezyną (26–29 listopada), opuszczeniu armii przez Napoleona w Smorgoniach (5 grudnia) i przegranych walkach o Wilno (9–10 grudnia). Wtedy to w mieście gwałtownie wzrosła ilość rabunków, francuscy maruderzy grasowali po okolicznych wsiach kradnąc żywność (częściowo zasilani przez wycofujące się oddziały francuskie), aż 13 grudnia niedaleko Kowna pojawili się pierwsi rosyjscy Kozacy dowodzeni przez atamana Matwieja Płatowa.