Pokłon pasterzy dla kościoła św. Józefa Cieśli w Rzymie, powstały w latach 1650–1651. Na tym etapie twórczości zauważalne są wpływy takich twórców, jak: Rafael Santi, Antonio Allegri da Correggio, Annibale Carracci, Francesco Albani, Guido Reni, Domenichino, Andrea Sacchi.
W latach 1653–1656 Maratta malował dla rzymskiego kościoła św. Izydora, najpierw do kaplicy dedykowanej św. Józefowi, następnie do kaplicy Ukrzyżowania. Zaślubiny Marii Panny (do ołtarza głównego) i Śmierć św. Józefa zostały zagrabione przez Francuzów w 1798 roku, w kościele znajdują się kopie. Ucieczka do Egiptu jest oryginałem. Maratta jest też autorem fresków: Sen św. Józefa, Hołd pasterzy oraz Chwała św. Józefa z aniołami i świętymi w kopule. Do roku 1657 powstały z przeznaczeniem dla kaplicy Ukrzyżowania na zamówienie Costanzy Ludovisi Pamphili, zagrabione przez Francuzów: Ukrzyżowanie, Chrystus ubiczowanyObecnie w Museum of Fine Arts w Bostonie., Droga na Kalwarię. Artysta jest autorem fresków w tej kaplicy: Modlitwa w Ogrójcu, Cierniem ukoronowanie oraz Tryumf krzyża w kopule.