Św. Bernard poddaje antypapieża Wiktora IV Innocentemu II dla bazyliki Świętego Krzyża z Jerozolimy (1656–1658). W latach 1657–1660 powstała Św. Rozalia wśród ofiar zarazy dla kościoła św. Rozalii w PalestrinieObecnie Collezione Corsini we Florencji., zaś w 1659 roku Zwiastowanie dla kościoła św. Antoniego Opata w Anagni. Maratta zajmował się też zamówieniami prywatnymi, malując freski o tematyce mitologicznej i czysto dekoracyjnej.
W 1663 Maratta namalował owalne płótno do ołtarza w kaplicy Niepokalanego Poczęcia w rzymskim kościele św. Izydora na zamówienie Rodriga Lópeza de Sylvy. W latach 1663–1667 powstała Wizja Świętych Tomasza z Villanovy i Franciszka Salezego dla kościoła św. Augustyna w Sienie na zamówienie Agostina Chigiego, bratanka papieża Aleksandra VII. Dla katedry w tym mieście Maratta namalował również Nawiedzenie oraz Ucieczkę do Egiptu.
Od 27 sierpnia 1662 roku Carlo Maratta był członkiem Akademii Świętego Łukasza. W latach 1666–1671 oraz 1696–1701 na zamówienie kardynała Antonia Barberiniego malarz kontynuował zaczęty przez Sacchiego cykl dedykowany Apostołom. Maratta jest autorem ośmiu lub dziewięciu projektów kolosalnych statui dla bazyliki laterańskiej. Realizację projektu rozpoczęto w 1701 roku, zakończono kilka lat po śmierci malarza.