Dalsze etapy fazy pucharowej pozostaną bez zmian, z tym, że turniej od ćwierćfinałów będzie rozgrywany w formie pojedynczych meczów na stadionach w Arabii Saudyjskiej.
Miejsca dla federacji zostały rozdzielane poprzez współczynnik ligowy AFC z sezonu 2023/2024. W edycji 2024/2025 Ligi Mistrzów może wziąć udział 27 zespołów z 12 federacji piłkarskich zrzeszonych w AFC.
Prawo udziału w rozgrywkach można będzie uzyskać poprzez:
zajęcie odpowiedniego miejsca w tabeli ligowej, zwycięstwo w odpowiednim pucharze krajowym, zwycięstwo w edycji 2023/2024 Ligi Mistrzów AFC (jeśli zdobywca tego trofeum nie uzyska miejsca w Lidze Mistrzów AFC 2024/2025 dzięki pozycji zajętej w rozgrywkach krajowych).
Grupa Zachodnia Lp.FederacjaPunktyFaza ligowaFaza kwalifikacyjna193.79530275.9502Według współczynnika, ZEA ma dwa miejsca w turnieju, jednak uzyskała dodatkowe miejsce dzięki zwycięstwie Al-Ain FC w ostatniej edycji Ligi Mistrzów AFC.1372.018464.129545.00610636.901Grupa Wschodnia Lp.FederacjaPunktyFaza ligowaFaza kwalifikacyjna191.82130288.925357.63021449.47011533.38010629.951