Śmierć i testament Jan Heydecke zmarł 5 lutego 1512 roku w Krakowie. W testamencie zapisał część swojej biblioteki i kosztowności Collegium Maius. Egzekutorzy jego ostatniej woli, wśród których znaleźli się między innymi Błażej Bermsdorff i Jan Sommerfed, w 1515 roku przekazali niecałe 14 florenów na budowę nowej biblioteki tego kolegium oraz kilka ksiąg z obszernego księgozbioru zmarłego (dzieła Herodota, Platona, Arystotelesa, Cycerona i Pliniusza Starszego); ; ; ..
Wizerunek na ołtarzu Wita Stwosza thumb|Ołtarz Wita Stwosza, kwatera ze sceną z Jezusem między uczonymi w Piśmie Za prawdopodobne uznaje się, że Wit Stwosz sportretował go na kwaterze przedstawiającej dwunastoletniego Jezusa w rozmowie z uczonymi w PiśmiePoza Heydeckem sportretowani mieli tam też zostać Kallimach i kardynał Zbigniew Oleśnicki, ; ; ., co miało wynikać z poparcia Heydeckego dla artysty; ; .. Spośród przedstawionych tam postaci wskazano na trzy, którym rysy mógł dać notariusz miejski: skryba siedzący na podłodze, skromnie odziany, „wciśnięty” w lewy, dolny kąt kwatery (niewielkie rozmiary postaci miały być wyrazem chrześcijańskiej pokory);