Kennedy przyjął jego rezygnację, czyniąc Walkera jedynym amerykańskim generałem, który zrezygnował ze służby w XX wieku.
Na początku 1962 roku Walker kandydował na gubernatora Teksasu, lecz przegrał prawybory Demokratów na rzecz ostatecznego zwycięzcy, Johna Connally'ego. W październiku 1962 roku został aresztowany za promowanie zamieszek na University of Mississippi, które wybuchły w proteście przeciwko przyjęciu czarnoskórego studenta Jamesa Mereditha na ówcześnie „biały” uniwersytet. Prokurator generalny Robert F. Kennedy nakazał umieszczenie Walkera w szpitalu psychiatrycznym na 90-dniową obserwację, lecz American Civil Liberties Union i psychiatra Thomas Szasz protestowali wraz z grupami prawicowymi przeciwko tej decyzji i Walker został zwolniony po pięciu dniach. Adwokat Robert Morris na początku 1963 roku przekonał ławę przysięgłych stanu Mississippi, aby nie oskarżała Walkera o przestępstwo.
Walker poinformował, że 10 kwietnia 1963 roku stał się celem zamachu we własnym domu, ale uniknął poważnych obrażeń, ponieważ kula wystrzelona z zewnątrz uderzyła w ramę okna. Po zakończeniu śledztwa w sprawie zabójstwa Johna F.