Podczas wojny trzydziestoletniej franciszkanie przejęli opiekę duszpasterską nad parafiami Andelshofen i . Pod koniec wojny w 1647 parafie odebrano klasztorowi, a w placówce pozostało zaledwie czterech księży. W 1653 rada miejska zaproponowała przełożonemu prowincji likwidację placówki i zastąpienie jej klasztorem jezuickim z kolegium, co spotkało się z kontrpropozycją franciszkanów polegającą na założeniu własnej uczelni. Od 1675 instytucja oferowała pełne studia filozoficzne. Początkowo lekcje odbywały się w budynku szkoły przy kościele farnym, a w 1712 wzniesiono nowy gmach na terenie klasztoru. W rozwój uczelni wkład miało również miasto. Od końca XVII wieku sytuacja gospodarcza polepszała się. W latach 1700–1709 wyremontowano zabudowania klasztorne, a w latach 1752–1766 kościół przebudowano w stylu barokowym. W 1802 roku opiekę nad wszystkimi klasztorami w mieście przejął zakon krzyżacki. W tamtym czasie przebywało tu 5 braci świeckich oraz 12 księży, w tym 7 wykładowców. W 1805 nadzór nad placówką przejęły władze Badenii, które zlikwidowały ją w 1808 roku. W 1817 zabudowania nabyło miasto i przeznaczyło je na cele oświatowe, a w 1857 założono tu szpital, funkcjonujący dziś jako dom opieki społecznej.