Do 1933 była wykładowcą w Burckhardthaus w Berlinie-Dahlem, ośrodku kształcenia pracowników ewangelickich instytucji kościelnych.
Po dojściu nazistów do władzy w 1933 utraciła pracę. Jej mąż został pozbawiony stanowiska docenta na uczelni i mandatu deputowanego do Reichstagu, otrzymał również zakaz publikowania. Knapp rozpoczęła wówczas za namową kuzyna pracę w agencji reklamowej. Zajmowała się tworzeniem reklam radiowych i kinowych dla marek takich jak m.in. Nivea, Blaupunkt czy Persil. Uważa się ją za wynalazczynię dżingla radiowego, który zrewolucjonizował niemiecką reklamę.
W czasie II wojny światowej utrzymywała stałe kontakty z działaczami antyhitlerowskiego ruchu oporu, a jej dom w stał się miejscem spotkań przeciwników dyktatury nazistowskiej, takich jak pastor Martin Niemöller.
W latach 1946–1949 Heuss-Knapp była posłanką do landtagu Wirtembergii-Badenii najpierw z ramienia Demokratycznej Partii Ludowej (DVP), a następnie Wolnej Partii Demokratycznej (FDP). Po wyborze Theodora Heussa na prezydenta federalnego przeniosła się do Bonn. mały|Grób Elly Heuss-Knapp i Theodora Heussa. Elly Heuss-Knapp wraz z mężem byli zaangażowani w założenie niemieckiej rady Ruchu Europejskiego w Wiesbaden w 1949, następnie została wiceprezesem tej organizacjiPor. Mareike König, Wolf D.