Najazd Niemiec na Polskę w 1939 roku przerwał Nowickiemu dalszą karierę wojskową. W czasie kampanii wrześniowej brał udział w obronie Warszawy. Walczył na odcinku Cytadela – Czerniaków, a następnie na Pradze. Po kapitulacji Warszawy pozostał w niej i jeszcze tego samego roku włączył się w szeregi ruchu oporu Związku Walki Zbrojnej. Od marca 1940 roku w TAP-KZ w 1 Kompanii Batalionu Mokotów (późniejszy 1 Szwadron Strzelców Motorowych w ZWZ-AK) pod pseudonimem „Mały”, był instruktorem i zastępcą dowódcy plutonu.
Akcja „Wachlarz” Jego odwaga w akcjach bojowych zwróciła uwagę dowódcy i ówczesnego szefa 1SSM, w obecności których w listopadzie 1941 roku na Czerniakowie odbyła się zbiórka 26 wybranych żołnierzy, którym cichociemny porucznik Franciszek Pukacki, ps. „Gzyms”, zaproponował uczestnictwo w Akcji „Wachlarz”. Nowicki, pod nowym pseudonimem „Dowbór”, wraz z innymi dwunastoma ochotnikami ze Szwadronu, został skierowany na wschodnie rubieże okupowanej Polski do prowadzenia dywersji na zapleczu frontu niemieckiego. Po sześciomiesięcznym szkoleniu minersko-dywersyjnym prowadzonym przez „Gzymsa” i własną kadrę szkoleniową, w połowie 1942 roku dokonano rozdziału ludzi na poszczególne kierunki, według którego porucznik Andrzej Buchman, ps.