Kiedy francuskie siły rewolucyjne przejęły Maltę od joannitów w czerwcu 1798, de Dolomieu próbował przekonać de Bosredona, aby towarzyszył mu w kampanii egipskiej Napoleona, ale de Bosredon zdecydował się pozostać na okupowanej przez Francuzów Malcie z powodu problemów zdrowotnych.
2 września 1798 Maltańczycy zbuntowali się przeciwko okupacji, a dwa dni później grupa rebeliantów przybyła do Casa Blacas i oskarżyła rycerza o kolaborację. De Bosredon miał przekazywać informacje o działalności powstańczej swojemu wujowi Jeanowi de Bosredon de Ransijat, rycerzowi joannitów, który zajmował wysokie stanowisko we francuskim rządzie okupacyjnym.
Sylvain de Bosredon został następnie stracony przez rebeliantów w akcie samosądu. Według hrabiego Saverio Marchese „jego czaszka została rozszczepiona jak melon na dwie części za pomocą oskarda bez żadnej ceremonii, co bardziej przypominało obyczaj wojenny, i natychmiast pochowano go w ubraniu, które miał na sobie, w płytkim grobie przy głównych drzwiach willi w ogrodzie w pobliżu dwóch kolumn.