Klimat mały|Willa rodziny Fränkel w okresie zimowym Wpływ na klimat Prudnika ma sąsiedztwo Gór Opawskich. Średnia temperatura roczna wynosi +8 °C. Pokrywa śnieżna występuje od grudnia do kwietnia. Duże zróżnicowanie dotyczy termicznych pór roku. Średnie roczne opady atmosferyczne w rejonie Prudnika wynoszą 640 mm, dominują wiatry zachodnie. Średnia wilgotność względna powietrza atmosferycznego wynosi w przekroju rocznym 78%.
W nocy z 31 grudnia 2022 na 1 stycznia 2023 w Prudniku odnotowano polski rekord wysokości temperatury powietrza w styczniu – 18,9 °C. 5 sierpnia 2026 stacja pogodowa w Prudniku odnotowała najwyższą temperaturę w historii miasta – 39,53 °C.
Wody mały|Złoty Potok w pobliżu Osiedla Zacisze Prudnik położony jest w dorzeczu Odry. Najdłuższym ciekiem wodnym, który przepływa przez miasto, jest rzeka Prudnik, będąca dopływem Osobłogi. Jest to jedna z głównych rzek Gór Opawskich, w średniowieczu wyznaczała granicę pomiędzy Śląskiem i Morawami. Na północno-zachodnich obrzeżach miasta, do rzeki Prudnik wpływa jej najdłuższy dopływ – Złoty Potok. W północnej części miasta ma swoje źródło potok Lubrzanka, natomiast w Lesie Prudnickim znajdują się źródła Granicznego Potoku oraz rzeki Trzebinka. mały|Staw przy ul. Poniatowskiego Największym zbiornikiem wodnym na terenie Prudnika jest staw przy ul.