Po likwidacji Po znalezieniu się Zamościa w Księstwie Warszawskim austriackie Liceum przekształcono w Szkołę Wojewódzką im. Zamoyskich, która odznaczała się wysokim poziomem. W 1811 ordynat Stanisław Kostka Zamoyski przeniósł Szkołę Wojewódzką do Szczebrzeszyna, dążąc do sprzedaży strategicznego miasta-twierdzy rządowi. Budynek zamieniono dla potrzeb wojskowych na koszary – dokonano jego przebudowy, zniknęły portale oraz arkady od strony dziedzińca. Dopiero po likwidacji twierdzy zamojskiej, w roku 1866, przywrócono tu szkołę. Do czasu II wojny światowej w dawnym gmachu Akademii znajdowało się gimnazjum, a po jego likwidacji liceum ogólnokształcące.
Przy dawnej akademii, w roku 1919, powstał szkolny ogród zoologiczny (przyrodniczy), który stał się podstawą utworzenia obecnego zamojskiego ogrodu zoologicznego.
W budynku Akademii mieściły się: I Liceum Ogólnokształcące im. Hetmana Jana Zamoyskiego w Zamościu (od 1916, pierwotnie męskie) i II Liceum Ogólnokształcące im. Marii Konopnickiej w Zamościu (1916–1965, pierwotnie żeńskie) oraz Szkoła Rzemieślniczo–Przemysłowa im. Tadeusza Kościuszki w Zamościu (1919–1940) i rektorat Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej im.