Po ataku III Rzeszy na ZSRR w 1941 roku i zajęciu Wilna okupacyjne władze niemieckie zezwoliły na kontynuację działalności uniwersytetu. W marcu 1943 roku władze niemieckie zamknęły uniwersytet, a wielu jego profesorów i wykładowców aresztowano i osadzono w niemieckim obozie koncentracyjnym KL Stutthof. Wydziały polskiego Uniwersytetu Stefana Batorego – Teologiczny, Prawa i Nauk Społecznych, Lekarski, Humanistyczny i Matematyczno-Przyrodniczy działały w podziemiu.
Okres powojenny