Uszkodzona w 586 miejscach sieć wodociągowa została nawodniona w całości w grudniu 1939, a usuwanie zniszczeń na terenie stacji trwało do czerwca 1941. Przez cały okres okupacji niemieckiej opłaty za wodę oraz za korzystanie z kanalizacji nie zmieniły się.
W latach 1942–1944 Stacja Filtrów ucierpiała w czasie radzieckich nalotów na Warszawę. Po zniszczeniu przez Niemców warszawskiego getta wyłączono z użytkowania ok. 100 km (z ok. 640 km) sieci wodociągowej.
Pierwszego dnia powstania warszawskiego, 1 sierpnia 1944, teren stacji został obsadzony przez oddział Wehrmachtu, jednak kontynuowała ona pracę. 9 sierpnia Niemcy zażądali odcięcia dopływu wody do miasta, jednak polscy pracownicy odpowiedzieli, że ze względów technicznych nie było to możliwe. 15 sierpnia nakazano zamknięcie wszystkich magistral wodociągowych w kierunku Śródmieścia, ale to polecenie zostało cofnięte.