Przy realizacji tych działań Einsatzgruppen blisko współpracowały z innymi nazistowskimi formacjami, takimi jak Volksdeutscher Selbstschutz, Ordnungspolizei, SS-Totenkopfverbände itp.
20 listopada 1939 roku Einsatzgruppen zostały oficjalnie rozwiązane, a na ich bazie utworzono stałe placówki SD i Sicherheitspolizei. Szacuje się, że do końca 1939 roku w okupowanej Polsce zamordowano około 50 tys. Polaków i Żydów, z czego znaczna część zginęła z rąk lub przy udziale funkcjonariuszy Einsatzgruppen.
Przygotowania thumb|SS-Gruppenführer Reinhard Heydrich thumb|SS-Brigadeführer Werner Best 18 maja 1939 roku SS-Gruppenführer Reinhard Heydrich przedłożył swoje pierwsze wskazówki w odniesieniu do działań, które Sicherheitsdienst (SD) i Sicherheitspolizei (SiPo) miały prowadzić podczas planowanej wojny z Polską. Już wcześniej, gdyż 7 maja, referat SD ds. żydowskich (II 112) zbadał możliwość zewidencjonowania Żydów zamieszkujących w Polsce.