Od 1964 do 1984 roku pracował w Katedrze Matematyki na Wydziale Filozofii Chrześcijańskiej Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego (kolejno jako asystent, starszy asystent, adiunkt i starszy wykładowca). W 1971 roku na UAM uzyskał stopień doktora matematyki.
Rozpracowywany przez Służbę Bezpieczeństwa Informacje na jego temat Służba Bezpieczeństwa gromadziła głównie w ramach spraw dotyczących Duszpasterstwa Akademickiego KUL, w którym posługiwał od 1961 roku (zwłaszcza sprawa krypt. „Ciuchy”). Jego pracę i życie osobiste kontrolowano m.in. poprzez sieć tajnych współpracowników. Jak wynika z materiałów, jego głównym zadaniem podczas pobytu w Lublinie było „organizowanie życia religijnego w państwowych ośrodkach akademickich” oraz praca duszpasterska wśród kadry naukowej miasta. Zamierzenia SB wobec Jerzego Szelmeczki i pozostałych lubelskich jezuitów-duszpasterzy akademickich obejmowały, poza nielegalną perlustracją korespondencji czy dokumentowaniem ich wystąpień, także działania mające na celu ich dyskredytowanie w środowisku akademickim oraz inne formy represji (np. w odniesieniu do Jerzego Szelmeczki rozważano możliwość niedopuszczenia do uzyskania przez niego stopnia doktora). Materiały go dotyczące zbierano ponadto od 1964 roku w ramach Teczki Ewidencji Operacyjnej na Księdza (tzw.