Pod koniec marca 1945 roku w obozie przebywało około 11 700–13 000 więźniów. Gdy wojska amerykańskie zbliżały się do Ohrdruf, 1 kwietnia SS rozpoczęło ewakuację niemal wszystkich więźniów podczas marszu śmierci do Buchenwaldu. Podczas tego marszu SS, Volkssturm i członkowie Hitlerjugend zabili około 1000 więźniów. Masowe groby zostały ponownie otwarte, a esesmani próbowali spalić zwłoki. Strażnicy SS zabili wielu pozostałych więźniów w północnej części obozu, których uznano za zbyt chorych, aby byli w stanie dojść do wagonów kolejowych. Po zwabieniu ich na plac apelowy, twierdząc, że mają zostać nakarmieni, esesmani zastrzelili ich i pozostawili ich ciała na otwartej przestrzeni.
Oprócz osób zabitych w marszu śmierci szacuje się, że około 3000 więźniów zmarło z wyczerpania lub zostało zamordowanych na terenie obozu. Łącznie z osobami, które miały pracować tutaj do śmierci, ale zostały przeniesione gdzie indziej, aby tam umrzeć, szacuje się, że łączna liczba ofiar wynosi około 7000.