Choć podejście to jest łatwe do zastosowania, wiąże się z nim wiele problemów:
Testy pierwiastka jednostkowego jednowymiarowego stosowane w pierwszym etapie mają niską moc statystyczną. Wybór zmiennej zależnej w pierwszym etapie wpływa na wyniki testu, tzn. potrzebna jest słaba egzogeniczność zgodnie z ustaleniami przyczynowości Grangera. Może wystąpić błąd systematyczny małej próby. Test kointegracji na nie ma standardowego rozkładu. Nie można zweryfikować poprawności parametrów długoterminowych w pierwszym etapie regresji, w którym uzyskuje się reszty, ponieważ rozkład estymatora MNK wektora kointegrującego jest wysoce skomplikowany i odbiega od rozkładu normalnego. Można zbadać co najwyżej jedną relację kointegrującą.
VECM Opisane powyżej podejście Engle’a-Grangera ma szereg słabości. Mianowicie ogranicza się ono do pojedynczego równania z jedną zmienną określoną jako zmienna zależna, wyjaśnioną za pomocą innej zmiennej, o której zakłada się, że jest słabo egzogeniczna pod względem interesujących badacza parametrów. Polega ona również na wstępnym testowaniu szeregów czasowych w celu ustalenia, czy zmienne są I(0) czy I(1). Tego typu słabości można wyeliminować stosując procedurę Johansena.