Podczas II wojny światowej w 1942 w stopniu majora został wysłany do Afryki Północnej jako lekarz Korpusu Medycznego Armii Stanów Zjednoczonych 59 Szpitala Ewakuacyjnego. Ten „mobilny” szpital z 750 łóżkami służył w 6 głównych kampaniach armii podczas II wojny światowej, w tym w Afryce Północnej, na Sycylii, w Anzio, południowej Francji i Niemczech. W uznaniu za swoją służbę Gerbode został awansowany do stopnia podpułkownika i odznaczony 6 medalami.
Po powrocie do San Francisco zainspirowany zamknięciem przetrwałego przewodu tętniczego przez Grossa w 1938, skorygowaniem koarktacji aorty przez Crafoorda w 1944 oraz operacją Blalocka łagodzącą objawy sinicy w sinicznych wadach serca, wiele czasu spędzał w laboratorium, poznając podczas doświadczeń na zwierzętach układ krążenia, co dało mu podstawy w późniejszych operacjach na sercu z użyciem i bez użycia krążenia pozaustrojowego. W 1949 przyjął stanowisko profesora wizytującego w St. Bartholomew’s Hospital w Londynie, gdzie przeprowadził pierwszą operację przetrwałego przewodu tętniczego w tej instytucji oraz szereg innych operacji wrodzonych wad serca.