Po przeniesieniu Stanford Medical School do Palo Alto mimo ofert stanowisk kierowniczych pozostał w San Francisco i na terenie starego Szpitala Stanforda odegrał prominentną rolę w powstaniu w 1959 Instytutu Badań Medycznych w San Francisco (obecnie Medical Research Institute at Pacific Medical Center, San Francisco (MRI)). Jako dyrektor oddziału Instytutu Badań Serca w MRI, otrzymał fundusze z National Institutes of Health na badania i szkolenia. MRI stał się jednym z 10 największych prywatnych instytutów badawczych w kraju, a Gerbode pełnił funkcję prezesa przez 19 lat. Rozpoczął również program kliniczny w celu szkolenia chirurgów z różnych krajów w zakresie chirurgii sercowo-naczyniowej. Wielu z nich po powrocie do swoich krajów zostało szefami placówek chirurgii sercowo-naczyniowej.

Skomputeryzował monitorowanie pacjentów na oddziale intensywnej terapii, co umożliwiło prezentowanie na jednym monitorze ciśnienia krwi, tętna, utlenowania krwi tętniczej i czynność płuc. Projekt ten obejmował najwcześniejsze zastosowania komputerów w medycynie klinicznej;