Utrzymywał kontakt ze zrzuconymi na Węgrzech spadochroniarzami, i . Miał także brać udział w próbach uratowania Hanny Szenes.
Od kwietnia 1944 roku wraz z prowadził negocjacje z Adolfem Eichmannem i Dieterem Wislicenym, chcąc zatrzymać deportacje Żydów. Po wyjeździe Branda do Turcji, Kasztner prowadził negocjacje sam, nawet po tym, gdy deportacje się rozpoczęły. W czerwcu przekonał Eichmanna, aby uwolnić 1700 Żydów z transportu do Auschwitz-Birkenau. Wraz z był członkiem komitetu wybierającego Żydów, którzy mieli zostać uratowani. Na liście znaleźli się m.in. działacze syjonistyczni, rabini (m.in. Joel Teitelbaum) oraz członkowie rodziny i przyjaciele Kasztnera. Tzw. wyjechał z Budapesztu 30 czerwca 1944 roku, którym podróżowało 1686 Żydów. Według niektórych źródeł, za każdego pasażera pociągu komitet zapłacił 1000 dolarów w gotówce, biżuterii, złocie i akcjach. Pociąg miał trafić do Szwajcarii, został jednak skierowany do Bergen-Belsen. Część Żydów zwolniono z obozu w sierpniu 1944 roku i wysłano do Szwajcarii, reszta więźniów została uwolniona w grudniu tego samego roku i również została przetransportowana do Szwajcarii. Sam Kasztner udał się do Szwajcarii w listopadzie 1944 roku.