thumb|upright|Grób Rugovy na cmentarzu w Prisztinie W lutym 1999 Rugova był jednym z członków kosowskiej delegacji podczas rozmów pokojowych kosowsko-serbskich, prowadzonych w Rambouillet pod Paryżem. Serbowie przystąpili do nich pod groźbą nalotów NATO. 18 marca podpisał w imieniu kosowskich Albańczyków układ zapewniający Kosowu autonomię, a kontrolę nad procesem pokojowym oddający korpusowi 28 tys. żołnierzy NATO (KFOR). Serbska delegacja odrzuciła te warunki.
Odrzucenie przez Miloševicia tego porozumienia stało się bezpośrednią przyczyną rozpoczętych 24 marca 1999 i trwających 79 dni nalotów lotniczych NATO na Jugosławię. Naloty nie uzyskały akceptacji Rady Bezpieczeństwa i obudziły protesty Rosji. Z Kosowa uciekło lub zostało wygnanych dziesiątki tysięcy uchodźców, którzy przybywali do Albanii i Macedonii.
W październiku 2000 partia Rugovy zdecydowanie pokonała w wyborach lokalnych w Kosowie Demokratyczną Partię Kosowa byłego przywódcy UÇK – Hashima Thaciego. W marcu 2002 parlament prowincji oficjalnie powierzył mu stanowisko prezydenta.