Na skutek nacisku władz partyjnych został zmuszony do rezygnacji z pracy w SGGW.
W 1952 Szczepan Pieniążek został członkiem korespondentem, a od 1964 członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii Nauk (PAN). W latach 1966–1971 był sekretarzem Wydziału Nauk Rolniczych i Leśnych PAN, a następnie członkiem Prezydium oraz wiceprezesem PAN. W latach 1972–1974 był również przewodniczącym Komitetu Nauk Ogrodniczych PAN. Szczepan Pieniążek był członkiem Międzynarodowego Towarzystwa Nauk Ogrodniczych, przewodniczącym Sekcji Sadowniczej, wiceprezydentem, następnie prezydentem (1970–1974). Od sierpnia 1981 wchodził w skład Komisji Rolnej Komitetu Centralnego PZPRSkład Komisji Komitetu Centralnego PZPR, "Trybuna Ludu", nr 189, 14 sierpnia 1981, s. 3..
Dorobek naukowy i popularyzacja nauki W pracy naukowej Szczepan Pieniążek zajmował się szeroko rozumianą pomologią, w tym uprawą drzew owocowych i roślin jagodowych, ochroną sadów, a także fizjologią roślin. Jednym z ważniejszych Jego osiągnięć jest doprowadzenie do corocznego owocowania jabłoni odmian przemiennie owocujących, wprowadzenie do uprawy drzew niskopiennych, opracowanie nowoczesnych systemów pielęgnacji gleby, wprowadzenie do produkcji wielu cennych odmian jabłoni. Opublikował około 100 prac naukowych. Jest m.in.